הסיעה השנייה = יש לגרש את הברברים כפי שהקיסר ציווה אך יש לחכות להזדמנות הנכונה, צריך לחזק את יפן ואז לגרש את הזרים, יפן עכשיו חלשה. כעת מה שצריך לעשות זה לתמוך בבאקופו, החובה שלנו היא קודם כל למשפחת הדאימיו – הזהות היא עדיין פנים האנית.
הסיעה השלישית = מבית מדרשם של הסנו-ג'וי – יש לגרש מיד את הברברים מתוך חובה מוסרית, לא צריך לחשוב על שיקולים פוליטיים או על אסטרטגיות רחוקות. מדובר בסמוראים ממעמד בינוני ונמוך. אלו אנשים ששיחקו תפקיד גדול ברסטורציה של מייג'י.
על פי גישה זו, מה צריך לעשות? להתקוטט בקיוטו עם קבוצות של סמוראים אחרים, לצאת למלחמה נגד השוגון ולהתקיף זרים. מסתבר שבהאן של צ'ושו לא היו זרים, סביר להניח שאף אחד מתושבי ההאן אף פעם לא ראה זר. אז את מי אפשר להתקיף?
אוניות שחולפות באזור. אכן הסיעה הרדיקלית (השלישית) מתארגנת ומפגיזה אוניות שחולפות באזור.
התגובות הזרות היו חריפות והזרים מתקיפים את החופים של צ'ושו.
השוגון שולח אל ההאנים איגרת הדורשת להפסיק את ההתקפות על זרים, ההתקפות הללו עלולות להביא לדרישות נוספות מצד המערב. השוגון לא מצליח לשלוט באזורים הללו, השליחים שמעבירים את האגרות הללו נרצחים. לאחר שההפגזות ממשיכות המעצמות המערביות אומרות "די!", הן מתארגנות לתגובה שתגרום להאן של צ'ושו להבין שהוא משחק באש. בשנת 1863-1864 יש הפגזה אדירה בשימונוסקי (Bombardment of Shimonoseki) והם מעלים באש חלקים גדולים מהעיר. יש מספר רב של הרוגים ופצועים. כאן ההאן מבין שאין לו אפשרות להילחם במעצמות הזרות.
להאנים הייתה השפעה מיידית על שינוי במדיניות הג'וי, הסמוראים הרדיקליים מבינים שלא ניתםן לגרש את הברברים כעת ולכן החלק של "לגרש את הברברים" נשמט מהמצע שלהם. בכל זאת הם נשארים בעמדה של לכבד את הקיסר וזה אומר להשמיד את שלטון הבאקופו. הזעם כלפי המערבים מופנה אל הבאקופו והעשייה הרדיקלית מתנהלת על ידי התקפה פנימית. ההאן הזה מסמל את ההתנגדות החריפה לשוגון. ההאן הזה הוא קטן ולא יוכל לכבוש את השלטון ממשפחת טוקוגאווה ולכן לאחר מספר שנים ההאן של צ'ושו וההאן של סצומה מתפייסים והם מקיימים את Satcho alliance – הם שמים את המחלוקות בצד ומתאחדים בלחימה נגד הבאקופו. ריומה הוא זה שמאחד בין שני ההאנים הללו וזה התפקיד החשוב שלו בסיפור זה. השוגון מבין שזה לא משחק, השליח שלו לא מצליח להרגיע את ההאנים הללו ועל כן השוגון יוצא בעצמו בראש משלחת עונשין אל הירושימה ומשם לצ'ושו. הוא מחליט להעניש אותם אך למרבה הפלא ההאן של צ'ושו מצליח לנצח את הצבא של השוגון שהיה גדול ממנו פי עשרה. השוגון חוזר חזרה להירושימה. הסמוראים שלחמו לצד השוגון לחמו לא מתוך הזדהות, לעומת זאת הסמוראים של ההאנים נלחמו מתוך הזדהות עם ההאן שלהם, עם הבית שלהם. הצבאות של צ'ושו וסצומה מאוד מתפלאים מההחלטה שלהם והם מחליטים להתקדם קדימה לכיוון קיוטו, הם רוצים לכבוש את קיוטו, לחטוף את הקיסר ולהתקדם לכיוון ______. מדובר במלחמת אזרחים, הכוחות המרכזיים הם צ'ושו וסצומה המאחדים את הצבא שלהם קוראים לעצמם "הצבא הקיסרי".
הצבא הקיסרי כובש את קיוטו, הוא מכה מכה מאוד חזקה את צבא השוגון שמונה מעל ל-100 אלף סמוראים. הצבא של השוגון היה מורכב מחיילים וסמוראים שונים שמתפזרים. אנו רואים שדאימיואים אחרים מחליטים לא להצטרף ללחימה של צ'ושו וסצומה.
מלחמת האזרחים מסתמנת כניצחון מכריע. מלחמות ביפן שלא כמו באירופה הסתיימו בד"כ מאוד במהירות, אין הרבה מקרים של חיילים הצרים על מבצר, הניצחונות היו מהירים – הצבא מתקיף, צבא אחר מתגונן וכך נגמרת המלחמה.
מפקד הצבא של השוגון באדו הוא אדם בשם Katsu kashui, אותם אדם שריומה ניסה לרצוח אותו ובסוף הפך לתלמידו. אותו מפקד מחליט שלא להילחם, הוא מבין שההכרעות של צ'ושו וסצומה הן הכרעות מהירות מדי והוא מחליט להיכנע ולאפשר לכוחות הכובשים להיכנס לאדו. 2000 סמוראים בלבד נותרים נאמנים לשוגון, השאר בורחים. אותם סמוראים נאמנים מתבצרים בגבעה שנקראת Ueno, הם מוכנים להילחם וזה מה שקורה. אדם בשם Saigo takamori – דמות הסמוראי האולטימטיבי, כוח בפיקודו כובש את הגבעה וטובח בסמוראים שנותרו. ישנם סמוראים שמצליחים לברוח ומקימים רפובליקה שנקראת ______, רפובליקה נאמנה לשוגון.
מעניין שלא הרגו את השוגון אלא הוא פשוט פרש.
במרץ 1869 הקרב האחרון קורה בצפון, בהקודטה והוא מביא לסוף שלטון ממשלת טוקוגאווה.
