הוא ממשיך את מדיניות בניית הקונצנזוס של קודמו אך הוא מחליט ללכת לפגוש את הקיסר. הקיסר מאוד מופתע כי הוא לא אמור לעסוק בפוליטיקה, המטרה הייתה לקבל ממנו לגיטימציה שנחשבת בעיני הדאימיו, אותו יועץ נמצא במצוקה פנימית.
קיסר בשם Komei מקשיב בזהירות לאותו יועץ אך הוא ופקידיו מריחים דם, הם מריחים את החולשה של הבקופו ולכן לא רק שהוא לא תומך באותו יועץ אלא הוא גם דורש לא לפתוח את יפן לזרים. הוא מציע סיסמא משלו – איחוד בין יפן לבין הקיסרות (Hobu gottai). מכריחים את האחות של הקיסר להתחתן עם השוגון אך זה לא עוזר, ההתנגדות ממשיכה ולא הדאימיו ולא הקיסר תומכים במאמצי הפשרה של היועצים.
את היועץ ההוא מחליף יועץ אחר שמנסה להחזיר את השליטה לבקופו – לא היוועצות בדאימיו ובקיסר אלא הבקופו הוא זה שקובע ואם הוא זה שקובע לפתוח את יפן לזרים אז זה מה שיקרה. הוא איים על הדאימיו להפסיק להתעסק בענייני הבקופו, הוא יוצא במסע של טיהור נגד סמוראים שמתנגדים לכניסה של הזרים. מהרגע שהסכר נפרץ היה קשה להחזיר את המצב על קנו וב-1860 הוא נרצח בפתח ארמון השוגון על ידי הסמוראים. הממשיכים שלו מנסים להמשיך ולבנות קונצנזוס.
ב-1863 השוגון בכבודו ובעצמו מגיע לקיוטו כדי להיפגש עם הקיסר. מדובר בעם הראשונה בה השוגון והקיסר נפגשים מאז למעלה ממאתיים שנים. המטרה היא לקבל את תמיכת הקיסר. הקיסר לא מסכים ודורש מהשוגון להציב לוח זמנים לגרש את הזרים מיפן למרות שהסכר כבר נפרץ וההסכמים כבר נחתמו. הוא מפרסם על כך צו ברחבי יפן.
השוגון מסכים לגרש את הזרים אבל ברור שאין ביכולתו לעשות זאת אלא היה ניסיון פשוט להרוויח זמן. התנגדויות של סמוראים לשוגון באות גם על רקע זה – הקיסר אמר לגרש את הזרים אז מדוע הם לא מגורשים?
הטוזמה דאימיו עמדו על ההחלטה של הקיסר לגרש את הזרים, הם ממציאים סיסמאות כמו "לכבד את הקיסר, לגרש את הברברים".
התנועה העממית – קבוצה גדולה של סמוראים שטענו שנוכחותם של הזרים זה דבר בלתי מתקבל שמטמא את האדמה היפנית ולכן יש לגרש אותם מיפן. קראו לתנועה זו "Sonno joi" שמשמעותה "לכבד את הקיסר, לגרש את הברברים". מדובר בסיסמא עוד ב-1825 שהומצאה על ידי אדם בשם Aizawa Seishsai – דיברנו עליו ביום שני, אחד ההוגים המרכזיים של יהודי מיטו. ב-1825 הוא מפרסם ספר שנקרא Shiron ושם הוא קורא להילחם בלחץ של הזרים.
יש ניסיון מצד אחד גם להתנגד למדיניות של הבאקופו אבל גם ניסיון לאחד או להקים תנועה עממית שתילחם כדי להפיל את שלטון משפחת טוקוגאווה ולהחזיר עטרה לקיסר.
אחת מהפעילויות של תנועה זו התקיימה בקיוטו, סמוך לארמון הקיסר. הם עסקו ברציחות, מזימות, התנקשויות באויבים וכו'. הצו שפרסם הקיסר ממריץ את ההתנגדות שלהם והם משכנעים את עצמם שהם עושים זאת למען הקיסר.
יושידה שואין (Yoshida shoin) היה אחד המנהיגים האידיאולוגים של תנועה זו – אדם מאוד מעניין שנולד בהאן של צ'ושו (Choshu) במערב יפן. מדובר בסמוראי ממעמד בינוני שנולד וגדל בהאגי(Hagi), הוא נולד למשפחת סמוראים שלימדו סמוראים אחרים כיצד להיות סמוראים (טקטיקות מלחמה). בתוך האגי היה בי"ס צבאי בשם Meirinkan, אותו שואין היה מוכשר ולכן התחיל ללמד בבי"ס כבר מגיל 14. מעניין לראות את התהפוכה המחשבתית שלו – הוא שומע ב-1853 על כך שקומודור פרי מגיע לחופי יפן ודורש מהיפנים לפתוח את שעריהם למערב והוא מתרגז על כך, מסבירים לו שאין ברירה ועל כן הוא וחברו נוסעים לאדו, שם הם משתייכים לחצר של הדאימיו שלו (הדאימיו של צ'ושו). הוא שומע ב-1854 שקומודור פרי מגיע שוב עם המון אניות, הוא מתרשם ומבין שמדובר במעצמה הרבה יותר חזקה מיפן. הוא וחברו מתגנבים בלילה לאניה של קומודור פרי ומתחבאים באנייה, כאשר הם נתפסים הם דורשים להפליג יחד עם האניות חזרה לארה"ב כדי ללמוד את סוד עוצמתו של המערב. קומודור פרי מחליט להסגיר אותם בחזרה לשוגון ואז שואין נענש על כך לא רק באדו אלא הוא נשלח למעצר בית בהאן שלו, אסור היה לו לצאת מחדר שגודלו לא עולה על 3 טטאמי. אסור היה לו לצאת מהחדר הזה למשך כמה שנים אך הוא החל להיות נערץ על ידי תלמידים אחרים, הוא היה מלמד את התלמידים שהיו מגיעים לחלונו. הוא עשה זאת במשך 5 שנים ואז 1959 הוא יצא להורג במצוות השוגון מפני שהוא חתם על מסמך שהוא תומך על הוצאה להורג של נציג השוגון באדו.